Förklara vad det handlar om tidigt i texten, sedan kan du använda bara skada, fel eller funktionsnedsättning. 

Skada kan passa, om det är något man har tillfogats, men inte fötts med.

Fel kan passa, även om det låter negativt. Det är enklare. 

Exempel:

Felet har uppstått tidigt i fosterutvecklingen.
medfödda skador som av olika anledningar har uppstått under fostrets utveckling 
XXX fungerar inte som det borde.

Skriv inte: defekt, deformitet