Det är tre svåra men viktiga frågor du ställer.
Losec slår inte ut bakteriefloran i mage och tarm. Magsår är ofta en sjukdom som orsakas av en bakterie. Därför behandlas numera magsår med en kombination av tre läkemedel: Losec, Amoxicillin och Klacid. Det är den vanligaste kombinationen, men det finns fler. De två senare läkemedlen är båda antibiotika. Då slås bakterien Helicobakter pylorii ut, men behandlingen påverkar även andra bakterier.
Om man enbart äter Losec, så minskas produktionen av magsyra, vilket snarare kan öka risken för tillväxt av vissa bakterier, som annars inte klarar sig i den sura miljön. Ett exempel på en sådan bakterie är tuberkelbacillen som kan ge tuberkulos. Detta är i hög grad en teoretisk diskussion. Några sådana problem har vi inte sett i Sverige. Däremot anses det att man inte bör behandlas med Losec till exempel i vissa afrikanska länder, där riskbakterier är vanliga.
Hos människa har det aldrig visats att långvarig behandling skulle ge ökad cancerrisk. Sanningen är att det är oklart hur en mycket långvarig behandling fungerar, men hittills har det alltså inte rapporterats risk för cancer hos människa.
Någon utveckling av det du kallar att man blir immun mot behandlingen, eller får en ökad tolerans, har jag inte läst eller hört något om. Det brukar gå utmärkt att behandla med konstanta doser under många år, med bibehållen effekt.