Detta med analys av antikroppar mot borrelia är inte så enkelt och misstolkningar inträffar även inom sjukvården. Anledningen är att det inte är förekomsten av själva bakterien som analyseras i blodprovet utan immunförsvarets reaktion mot bakterien.
Förekomsten av antikroppar visar enbart att man någon gång under sitt liv kommit i kontakt med bakterien. Immunförsvarets celler har då känt igen bakterien som något främmande och börjat producera antikroppar.
Har man haft en borreliainfektion tidigare blir i regel antikropparna kvar som ett immunologiskt "minne" av infektionen. Med blodprovet kan man inte skilja på en aktuell infektion, eller spår av en tidigare genomgången infektion. För att få vägledning i detta behöver man upprepa provtagningen med fyra till åtta veckors mellanrum. Stiger då värdena talar det för en aktuell infektion. Oftast vill man dock inte vänta så länge utan tvingas ta ställning till om man ska behandla innan dess.
Det finns ytterligare några faktorer som försvårar tolkningen. Det förekommer att testet felaktigt visar att man har antikroppar fast man aldrig smittats av borrelia. Vidare kan man ha antikroppar för att man blivit smittad av borrelia vid något tillfälle utan att man uppfattat att man haft en borreliainfektion. Det sistnämnda kan förstås bero på att man haft infektionstecken men inte observerat dem och att infektionen självläkt. Det kan också bero på att man haft en infektion utan några symtom, en så kallad subklinisk infektion.
Det är faktiskt så att fler än hälften av de som via ett fästingbett smittas av borrelia aldrig får några sjukdomstecken. Smittdosen är så pass låg eller immunförsvaret så pass effektivt att infektionen slås ut i tidigt skede. Detta är inget specifikt för borrelia utan gäller för de flesta infektioner. 10% eller mer av befolkningen har antikroppar mot borrelia som tecken på att de smittats av borrelia någon gång i livet.
Man kan alltså inte bara genom ett blodprov avgöra om ett visst sjukdomstillstånd orsakas av borrelia. En typisk sjukdomsbild och kompletterande test efter några veckor gör bedömningen säkrare. Ibland går det också att direkt påvisa borreliabakterier, till exempel i ledvätska från en inflammerad led. Det är i så fall det allra säkraste sättet att ställa diagnosen.